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Coronavirus: le possibili fonti animali e la sequenza del genoma

Una nuova analisi genetica di 10 sequenze di genomi di un nuovo coronavirus (2019-nCoV), ottenuto da nove pazienti a Wuhan, rileva che il virus è più strettamente correlato a due coronavirus simili a SARS derivati ​​dal pipistrello. È quanto evidenzia un recente studio pubblicato su The Lancet.

Gli autori affermano che sebbene la loro analisi suggerisca che i pipistrelli potrebbero essere l’ospite originale del virus, un animale venduto nel mercato ittico Huanan, a Wuhan, potrebbe rappresentare un ospite intermedio che consente l’emergere del virus nell’uomo. Per questo motivo, la futura evoluzione, adattamento e diffusione di questo virus richiede un’indagine urgente.

Coronavirus: nove pazienti con polmonite virale

Nello studio, gli autori riportano i dati epidemiologici di nove pazienti a cui è stata diagnosticata la polmonite virale di causa non identificata. Campioni di cellule e secrezioni sono stati prelevati dai polmoni dei pazienti per raccogliere tracce del virus 2019-nCoV. Questi sono stati successivamente analizzati per determinare l’origine del virus e il modo in cui entra nelle cellule umane.

Otto dei pazienti avevano visitato il mercato del pesce di Huanan. Un paziente non aveva mai visitato il mercato, ma era rimasto in un hotel vicino al mercato prima dell’inizio della loro malattia.

Gli autori hanno trovato il 2019-nCoV in tutti e 10 i campioni genetici prelevati dai pazienti, inclusi otto genomi completi e due genomi parziali. Le sequenze genetiche dei campioni erano quasi identiche (condividevano oltre il 99,98% della stessa sequenza genetica), il che indica un’emergenza molto recente del virus nell’uomo.

Sequenze genomiche quasi identiche

“È sorprendente che le sequenze di 2019-nCoV ottenute da diversi pazienti fossero quasi identiche. Questa scoperta suggerisce che il 2019-nCoV ha avuto origine da una fonte in un periodo molto breve ed è stato rilevato in modo relativamente rapido. Tuttavia, poiché il virus si trasmette a più individui, è necessaria una costante sorveglianza delle mutazioni”, afferma uno degli autori principali, il professor Weifeng Shi, il laboratorio chiave di eziologia ed epidemiologia delle malattie infettive emergenti nelle università di Shandong, Shandong First Medical University e Shandong Academy of Medical Sciences, in Cina.

Coronavirus: il confronto con altri virus

Confrontando la sequenza genetica 2019-nCoV con una libreria di virus, gli autori hanno scoperto che i virus più strettamente correlati erano due coronavirus SARS-simili di origine dal pipistrello – bat-SL-CoVZC45 e bat-SL-CoVZXC21 – che condividevano l’88% della sequenza genetica. 2019-nCoV era geneticamente più distante dal virus SARS umano (che condivideva circa il 79% della sequenza genetica) e dal virus della sindrome respiratoria del Medio Oriente (MERS) (che condivideva circa il 50% della sequenza genetica).

Studiando la proteina spike del virus, ovvero come il virus si lega e quindi entra nelle cellule umane, gli autori hanno scoperto che il 2019-nCoV e il virus SARS umano hanno strutture simili, nonostante alcune piccole differenze. Di conseguenza, gli autori suggeriscono che 2019-nCoV potrebbe utilizzare la stessa porta molecolare per entrare nelle cellule del SARS: un recettore chiamato ACE2. Questo riscontro necessita però di ulteriori conferme.

Coronavirus: arriva dai pipistrelli?

Sulla base dei loro dati, gli autori affermano che sembra probabile che il 2019-nCoV che ha causato l’epidemia di Wuhan possa essere stato inizialmente ospitato da pipistrelli e trasmesso agli esseri umani attraverso un animale selvatico attualmente sconosciuto, venduto al mercato ittico di Huanan.

Dicono che è più probabile che i coronavirus di pipistrello stiano mutando rispetto a 2019-nCoV, il che significa che è improbabile che 2019-nCoV sia emerso a causa di una mutazione casuale. Tuttavia, sono necessarie ulteriori informazioni e se venisse identificato un virus animale più strettamente correlato, questo suggerimento potrebbe essere errato.

“Questi dati sono coerenti con un serbatoio di pipistrelli per il coronavirus in generale e per il 2019-nCoV in particolare. Tuttavia, nonostante l’importanza dei pipistrelli, sembra probabile che un altro ospite animale stia fungendo da ospite intermedio tra pipistrelli e umani “, afferma il professor Guizhen Wu, Centro cinese per il controllo e la prevenzione delle malattie.

Coronavirus: dai pipistrelli all’uomo

Spiegando ciò, osserva: “In primo luogo, l’epidemia è stata segnalata per la prima volta alla fine di dicembre 2019, quando la maggior parte delle specie di pipistrelli a Wuhan sono in letargo. In secondo luogo, nessun pipistrello è stato venduto o trovato nel mercato ittico di Huanan, mentre molti animali non acquatici (compresi i mammiferi) lo erano.

In terzo luogo, le somiglianze nelle sequenze genetiche tra 2019-nCoV e i suoi parenti stretti bat-SL-CoVZC45 e bat-SL-CoVZXC21 erano inferiori al 90%, il che significa che questi due coronavirus derivati ​​dal pipistrello non sono antenati diretti del 2019-nCoV. In quarto luogo, sia nella SARS che nella MERS, i pipistrelli fungevano da serbatoio naturale, con un altro animale che fungeva da ospite intermedio e con gli umani come ospiti terminali. Ciò evidenzia ancora una volta un serbatoio di virus nascosto negli animali selvatici e il loro potenziale di riversarsi nelle popolazioni umane“.

 

 

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