È probabile che SARS-CoV-2 si sia discostato dai virus dei pipistrelli più strettamente correlati già circa 40-70 anni fa. Lo riferisce un articolo pubblicato recentemente sulla rivista Nature Microbiology. I risultati suggeriscono che il lignaggio che ha dato origine a SARS-CoV-2 potrebbe essere circolato nei pipistrelli da decenni.
Comprendere la storia evolutiva della SARS-CoV-2 è stato difficile perché i coronavirus sono noti per ricombinarsi, per scambiarsi cioè materiale genetico da uno all’altro. Piccole sottoregioni genomiche del virus possono così avere origini diverse.
Il virus del pipistrello RaTG13 è stato identificato come il virus più strettamente correlato al SARS-CoV-2, suggerendo che è probabile l’origine da un pipistrello per l’epidemia di COVID-19. Tuttavia, la ricerca ha anche identificato coronavirus simili nei pangolini (in particolare, un virus campionato nel Guangdong nel 2019; Pangolin-2019) ed è stato proposto che potrebbero essere stati un ospite intermedio.
SARS-CoV-2 nei pipistrelli: ricombinazione genetica
Maciej Boni e colleghi hanno analizzato la storia evolutiva di SARS-CoV-2 usando i dati genomici sui sarbecovirus (il sottogenere a cui appartiene SARS-CoV-2). Hanno impiegato tre approcci per identificare le regioni del virus che non erano state sottoposte a ricombinazione e che potevano essere utilizzate per ricostruirne l’evoluzione. Tutti gli approcci suggeriscono che RaTG13 e SARS-CoV-2 condividono un unico lignaggio ancestrale. Stimano che SARS-CoV-2 si è differenziato geneticamente dai relativi sarbecovirus di pipistrello nel 1948, 1969 e 1982, rispettivamente. Gli autori hanno anche esaminato il dominio di legame del recettore (RBD) della proteina spike del virus, che gli consente di agganciare il recettore ACE2 umano per entrare nelle cellule.
Sebbene questo abbia dimostrato di essere geneticamente più simile ai virus del pangolino rispetto al virus RaTG13, gli autori hanno scoperto che la proteina spike non ha mostrato prove di ricombinazione che si verificano tra il lignaggio che porta al SARS-CoV-2 e altri sarbecovirus noti. Sulla base di questa scoperta, propongono che questa proteina, e il suo RBD, siano un tratto ancestrale del lignaggio che porta a SARS-CoV-2, RaTG13 e Pangolin-2019. Gli autori concludono che sebbene i virus SARS-CoV-2 e pangolino condividano un antenato comune e sebbene i pangolini possano aver avuto un ruolo nella trasmissione all’uomo, è improbabile che siano un ospite intermedio per il virus.
SARS-CoV-2 nei pipistrelli: identificare precocemente i virus con potenziale zoonotico
Gli autori sostengono che il lungo periodo di divergenza di SARS-CoV-2 indica che potrebbero esserci discendenze virali non campionate nei pipistrelli che potrebbero avere un potenziale zoonotico a causa della posizione ancestrale di residui di contatto adattati dall’uomo sull’RBD del SARS-CoV-2. Dichiarano però che è necessario un migliore campionamento per valutarlo.
Concludono che la diversità esistente e il processo dinamico di ricombinazione tra lignaggi nel serbatoio dei pipistrelli dimostrano quanto sia difficile identificare i virus con il potenziale di causare significativi focolai umani prima che emergano. Fatto che sottolinea la necessità di sistemi di sorveglianza delle malattie umane in tempo reale che può identificare e classificare rapidamente i patogeni emergenti.
